根管治疗的方式，可分为两大类：非手术式及手术式。

蛀牙牵涉至牙髓软组织时，便不能只做填补，必须去除所有的牙髓。牙齿坏死过久，牙根尖周围便会跟著发炎。此时即需做根管治疗。 以根管锉进行清创及扩大根管内面，让残余之碎屑及细菌不再滋生。以在人体不起反应之马来胶，将根管紧密充填，取代原有齿髓所占有的空间。

手术式的根管治疗一般是在非手术的治疗无法治疗时，或是牙根尖病变过大（如囊肿），或是牙根有缺陷需修补时，后才使用。一般的术式包括：囊肿摘除、牙根尖刮清术及切除术、牙根切除术、牙根修复等。一般来说，牙根尖的手术须费时约一个小时，大部份在门诊即可做，不必住院。

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