胆管癌中肝门部胆管癌占 50%，肝外胆管癌占 40%，肝内胆管癌不到 10%。根据 WHO 分类，混合肝细胞型胆管癌（也称胆管癌合并肝癌）是近才被认识的一种肝外胆管癌亚型，在所有类型肝癌中占不到 1%。
尽管肝内胆管癌不常见，但其发病率在西方国家似乎有上升趋势。经年龄校正后的胆管癌发病率在西班牙裔和亚洲人群中高，在非西班牙裔白人和黑人中低。
本病男性患者发病率较女性高，但西班牙裔女性人群除外，其肝内胆管癌发病率较男性高；胆管癌在儿童中很少见。由于发病率上升，累计胆管癌死亡率增加了 39%，男性和男孩死亡率较女性和女孩高。
大多数胆管癌是原发性的，没有其他危险因素。近一些研究人员认为肝硬化，乙肝和丙肝是胆管癌的危险因素（特别是肝内胆管癌），乙肝和丙肝对肿瘤发生的影响在西方国家意见不一。西方国家丙肝多见，亚洲乙肝常见。
来自美国和欧洲的研究发现，丙肝是胆管癌重要的危险因素（特别是肝内胆管癌），但来自韩国和中国的研究却发现乙肝是肝内胆管癌的危险因素。一个来自日本的研究证实了欧美国家的发现，认为丙肝是肝内胆管癌更重要的危险因素。以上所有的研究都证实肝硬化是胆管癌的危险因素。
从致病机制方面来看，炎症因子的释放、细胞死亡在使细胞增值的同时促进了肝脏纤维化，但由病毒性肝炎导致的胆管癌患者并不都合并有肝硬化。一项针对肝内胆管癌危险因素的荟萃分析发现，肝硬化危险比为 22.92，丙肝 4.84，乙肝 5.10。
原发性硬化性胆管炎可发展为胆管癌（特别是肝门部胆管癌），该病的特点是慢性炎症合并肝损伤且可能有祖细胞的增殖，这些患者胆管癌终生发病率为 5%-10%。大约 50% 原发性硬化性胆管炎患者诊断后 24 个月内被诊断为胆管癌。原发性硬化性胆管炎患者被诊断为胆管癌的平均年龄为 40 岁左右，而普通人群为 70 岁左右。尽管有许多危险因素可促进原发性硬化性胆管炎发展为胆管癌，但这些危险因素还不足以指导危险分层的疾病监测。
诊断早期还应考虑是否患有胆管囊性疾病，包括 Caroli 氏病，这些患者胆管癌终生发病率为 6%-30%，中位年龄为 32 岁。东南亚胆管癌的发病率也很高，主要是因为这些地区肝吸虫病、泰国肝吸虫病和华支睾吸虫病非常流行，这些都是胆管癌的危险因素。
目前关于饮酒和吸烟与胆管癌的关系报道不一。根据 SSER 数据库分析，代谢综合征可增加肝内胆管癌的患病风险。同时，来自美国和丹麦的荟萃分析结果表明，糖尿病与肥胖可增加肝内胆管癌的风险，尽管研究人员推测肥胖是胆管癌的危险因素，但目前为止这方面的证据还不足。
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